Rohelise lipu taotlemiseks on oluline järgida Rohelise kooli programmi põhimõtteid õppeasutuse juhtimisel, õppetöös ja õppehoone haldamisel.
Rohelist lippu saavad taotleda haridusasutused, kes on osalenud programmis vähemalt ühe õppeaasta.
Eesti Rohelise lipu kriteeriumid vaatab iga-aastaselt läbi Rohelise kooli komisjon, tehes vajadusel täiendusi. Igal kevadel moodustatakse eraldi hindamiskomisjon, kuuluvad esindajad Kliimaministeeriumist, Haridus- ja Teadusministeeriumist, Keskkonnaametist, Tallinna Keskkonna- ja Kommunaalametist, Tallinna Haridusametist, Tartu linnavalitsusest, Tartu loodusmajast ning teistest keskkonnahariduslikest organisatsioonidest ja õppeasutustest. Iga taotlust hindab üks hindaja, vastavalt vajadusele tehakse päringuid ja toimub õppeasutuse külastus ja/või kohtumised Rohetiimi liikmetega. Vajadusel kaasatakse ka teine hindaja.
Rohelise lipu taotlusi saab Eestis programmis esitada kevadel, täpne taotluste esitamise tähtaeg tehakse teatavaks jaanuari alguses. Sel aastal on rohelipu taotlemise tähtaeg 25. aprill 2025. Rohelise lipu taotluse fail lae alla SIIT. Taotluseid saab esitada alates 1. aprillist 2025 aadressile rohelinekool@tartuloodusmaja.ee
Roheline lipp omistatakse kaheks aastaks. Lipu saamisele järgneval aastal on kohustus jätkata tegevuskavas toodud tegevusi ja viia läbi uus keskkonnaanalüüs. Esmakordselt rohelipu saanud õppeasutused esitavad juunikuus vahearuande. Ülejärgmisel õppeaastal tuleb uuesti esitada taotlus keskkonnamärgise saamiseks.