Roheline lipp antakse välja haridusasutustele, kes on järginud programmi 7-sammulist strateegiat.
Rohelise lipu taotlemiseks on oluline järgida Rohelise kooli programmi põhimõtteid õppeasutuse juhtimisel, õppetöös ja õppehoone haldamisel.
Rohelist lippu saavad taotleda haridusasutused, kes on osalenud programmis vähemalt ühe õppeaasta.
Eesti Rohelise lipu kriteeriumid vaatab iga-aastaselt läbi Rohelise kooli komisjon, tehes vajadusel täiendusi. Igal kevadel moodustatakse eraldi hindamiskomisjon, kuuluvad esindajad Kliimaministeeriumist, Haridus- ja Teadusministeeriumist, Keskkonnaametist, Tallinna Keskkonna- ja Kommunaalametist, Tallinna Haridusametist, Tartu linnavalitsusest, Tartu loodusmajast ning teistest keskkonnahariduslikest organisatsioonidest ja õppeasutustest.Iga taotlust hindab üks hindaja, vastavalt vajadusele tehakse päringuid ja toimub õppeasutuse külastus ja/või kohtumised Rohetiimi liikmetega. Vajadusel kaasatakse ka teine hindaja.
Rohelise lipu taotlusi saab Eestis programmis esitada kevadel. Järgmine rohelipu taotlemise tähtaeg on 24. aprill 2026. Esmakordselt toimub rohelipu taotlemine rahvusvahelises infosüsteemis, mida hakkame tutvustama hilissügisel.
Roheline lipp omistatakse kaheks aastaks. Lipu saamisele järgneval aastal on kohustus jätkata 7 sammu tegemist, sh tegevuskavas toodud tegevusi ja viia läbi uus keskkonnaanalüüs. Esmakordselt rohelipu saanud õppeasutused esitavad 1.augustiks 2026 vahearuande. Ülejärgmisel õppeaastal tuleb uuesti esitada taotlus keskkonnamärgise saamiseks.