Rohelise Lipu taotlemiseks on oluline järgida Rohelise kooli programmi põhimõtteid õppeasutuse juhtimisel, õppetöös ja õppehoone haldamisel.
Rohelist lippu saavad taotleda haridusasutused, kes on osalenud programmis vähemalt ühe õppeaasta.
Eesti Rohelise lipu kriteeriumid vaatab läbi Rohelise kooli komisjon, tehes vajadusel täiendusi.Komisjoni kuuluvad esindajad Kliimaministeeriumist, Haridus- ja Teadusministeeriumist, Keskkonnaametist, Tallinna Keskkonna- ja Kommunaalametist, Tallinna Haridusametist, Tartu Linnavalitsusest, Tartu loodusmajast ning teistest keskkonnahariduslikest organisatsioonidest ja õppeasutustest. Iga taotlust loeb vähemalt kaks hindajat, vajadusel toimub õppeasutuse külastus ja/või kohtumised Rohetiimi liikmetega.
Rohelise lipu taotlusi saab Eestis programmis esitada kevadel, täpne taotluste esitamise tähtaeg tehakse teatavaks jaanuari alguses. Roheline lipp omistatakse kaheks aastaks. Lipu saamisele järgneval aastal on kohustus jätkata tegevuskavas toodud tegevusi, viia läbi uus keskkonnaanalüüs ning esitada kevadel vahearuanne. Ülejärgmisel õppeaastal tuleb uuesti esitada taotlus keskkonnamärgise “Roheline lipp” saamiseks.
