Rohelist lippu saavad taotleda haridusasutused, kes on osalenud programmis vähemalt ühe õppeaasta. Soovitame lippu taotleda siis, kui keskkonnaanalüüsi on läbi viidud kaks korda, sest sealt saadakse tõendeid aja toimunud muutuste kohta. Seega taotletakse üldjuhul keskkonnamärgist siis, kui programmis on osaletud kaks õppeaastat.
Eesti Rohelise lipu kriteeriumid vaatab iga-aastaselt läbi Rohelise kooli komisjon, tehes vajadusel täiendusi.
Igal kevadel moodustatakse eraldi hindamiskomisjon, kuuluvad esindajad Kliimaministeeriumist, Haridus- ja Teadusministeeriumist, Keskkonnaametist, Tallinna Keskkonna- ja Kommunaalametist, Tallinna Haridusametist, Tartu linnavalitsusest, Tartu loodusmajast ning teistest keskkonnahariduslikest organisatsioonidest ja õppeasutustest. Kuni 2024. aastani hindas iga taotlust kaks inimest, alates 2025. a kevadest hindab iga taotlust hindab üks hindaja, vastavalt vajadusele tehakse päringuid ja toimub õppeasutuse külastus ja/või kohtumised Rohetiimi liikmetega. Vajadusel (nt puuduste esinemisel) kaasatakse ka teine hindaja.
Rohelise lipu taotluseid saab Eestis esitada kevadel, täpne taotluste esitamise tähtaeg koos taotlusvormi ja kriteeriumitega tehakse teatavaks jaanuari alguses.
Roheline lipp omistatakse kaheks aastaks ning antakse üle ka füüsiliselt (majalipuna või mastilipuna ning ka väikese laualipuna) rohekooli aastakonverentsil juuni alguses.
Lipu saamisele järgneval aastal on kohustus jätkata tegevuskavas toodud tegevusi ja viia läbi uus keskkonnaanalüüs. Esmakordselt rohelipu saanud õppeasutused esitavad juunikuus vahearuande. Ülejärgmisel õppeaastal tuleb uuesti esitada taotlus keskkonnamärgise saamiseks.
